大運河流經地域廣，遺產構成復雜，涉及部門眾多，保護管理協調難度很大。作為中國境內兩條巨型線性遺產，長城有長城法，卻缺少大運河法，這部法律，應該至少是國務院層面上出臺的法規，只有這樣，才能為大運河遺產的保護、管理工作提供強有力的法制保障。

大運河申遺成功后需要一個專門機構負責大運河遺產的長效保護管理，建議將“大運河聯合申報世界文化遺產辦公室”改名為“中國大運河遺產保護管理辦公室”，職能調整為組織中國大運河遺產的保護管理、監測督查、宣傳研究等，承擔起運河全線遺產保護管理職能。

大運河遺產利用要提倡政府主導的市場化運作。可借鑒杭州經驗，杭州為加強對運河的綜合保護和利用，專門成立了市京杭運河（杭州段）綜合保護委員會，與市運河（杭州段）綜合整治與保護開發領導小組辦公室合署辦公。成立了市屬國有獨資公司杭州市運河集團，與市運河綜合保護委員會“兩塊牌子一套班子”。杭州市政府按照“堅持標準、自求平衡”原則和“市場化籌資、多元化投入”思路，取得了環境、文化、旅游、遺產保護的共贏。