為什么保護運河的呼聲不絕于耳，保護運河的意義也為人所共識，而保護運河的實際工作推動起來卻困難重重、遲滯延緩呢？其中一個重要原因，就是運河遺產研究工作沒有受到應有的重視，人們對運河遺產還缺乏客觀、理性、科學和全面的認識，運河遺產保護的理論指導遠遠滯后于實踐的需求。

水利史研究在中國源遠流長，但運河遺產研究卻剛剛起步。運河遺產保護的真實性和完整性要求使運河遺產研究具有獨特的研究目標、研究內容、研究原則和研究方法。然而目前聯合國教科文組織的重要成果《國際運河史跡名錄》中，中國運河部分研究明顯不足，在后記、參考資料、文獻目錄中甚至找不到中國專家的名字。

為此建議，將大運河遺產研究作為一項長期工作，納入國家重大科研規劃。加強大運河遺產的跨學科研究，改變按科技部、社科院等不同渠道申報科研課題的局限性，綜合水利工程、交通工程、地理學、空間信息技術、考古學、歷史學、文物保護、管理學等多學科聯合開展研究。在大運河申遺工作開始倒計時的緊迫形勢下，采取邊研究、邊調查、邊規劃的三邊策略，立即組織開展運河全線關鍵樞紐地區的跨學科調查研究和評估工作，拿出詳實、科學的研究成果作為規劃基礎和申遺依據，以又好又快的科學發展觀精神對待運河遺產的保護和申報工作。