孫中山先生由于長期為中國革命奔波，積勞成疾，身患肝病。馮玉祥北京政變成功后，中山先生應邀北上共商大計。1924年底北上之初，身體已有不適，到天津時肝病復發。進京后，病情危重，1925年1月26日施行手術時，醫生斷定為肝癌。在京國民黨人意識到情況嚴重，當晚即開政治委員會議商量。1925年2月16日，在京國民黨中央委員在北京飯店開會，“討論先生身后準備事宜。到會者除政治委員外，有孫中山先生家屬孫哲生、孔庸之、宋子文等。決議附身事由家屬主持而由黨襄助之，其他典禮則由家屬與黨分別主辦，墓道擬在北京或郊外”。

1925年3月12日上午9時30分，中山先生在北京鐵獅子胡同行轅逝世，遺體送北京協和醫院施行防腐處理。中山先生逝世后，國民黨立即向海內外發出訃告，并迅速組建治喪機構，分頭操辦。在北京，于逝世當晚組織“孫中山先生治喪辦事處”，以經紀其事。治喪的主要決策由北京治喪處會同孫中山家屬共同做出。

逝世第二天，國民黨人與蘇聯政府聯系，定制安葬列寧所用玻璃蓋鋼棺。但制作運輸尚需時日，于是先使用協和醫院舊存的一具美式楠木棺，棺的頂面為玻璃，吊唁者可瞻仰遺容。中山先生逝世后，前來吊唁的有俄、美、德、法、比、英、日、荷、丹麥、瑞典、葡萄牙等國公使的代表，參議院非常國會、各社會團體及梁啟超、段祺瑞、黃郛、楊度、馮玉樣、張作霖、盧永樣、唐紹儀等均來電吊唁，并派專員來京協助辦理喪事。

治喪處決定1925年3月19日為大殮期，并致書于執政府，“茲定于三月十九日上午十一時敬迎孫中山先生靈柩，由協和醫院禮堂至中央公園內社稷壇大殿安放，并于二十四日舉行弔（吊）禮”。1925年3月18日上午10時，中山先生的家族葬禮在北京協和醫學院禮拜堂進行。宋慶齡和孫科邀請了與他們一向交誼很好的燕京大學教授劉廷芳主持，圣公會牧師朱友漁協助主持。參加葬禮者約400人，除親屬孔祥熙、宋子文外，還包括國民黨要員。

19日11時，孫中山靈柩奉移至中央公園，12時一刻，抵社稷壇大殿。移靈過程中，12萬民眾自發地護送。自3月20日起，國民黨、北京市各界人士、來自全國各地的民眾開始在社稷壇“拜殿”祭奠孫中山。22日，治喪處定于“4月2日午前11時恭送先生靈柩于西山暫厝，俟紫金山墓地建筑完竣后再行護運”。北京政府亦派出柏文蔚及內務次長王耒為治喪政府代表，協助辦理喪事。在中共方面，李大釗、鄧穎超也參加了北京治喪處的工作。

3月24日至4月1日為各界公祭日，每天都有成千上萬的各界人士前來中央公園吊唁。3月30日，蘇聯政府特派專員多米諾夫將贈送的玻璃蓋鋼棺運到北京，但此棺“外觀頗佳，但質地極薄，恐不耐久”，不利于長期存放遺體，最后決定仍用原棺。

4月2日下午，孫中山的靈柩出中央公園，經北京長安街、西單、西直門，移往西山碧云寺暫厝，安放于碧云寺金剛寶座塔石龕內，30萬群眾自發送行。

此后的幾年間，孫中山先生靈柩只有廣東革命政府所派的少數衛士守護。由于戰火頻繁，守靈處主任李榮為了保護中山先生遺體，決定和衛士們一起把孫中山遺體轉移到附近一個山洞里。他向協和醫院的潘醫生要了一些防腐藥水，又從中法中學取回了孫中山最初曾用的一具美式小棺，1927年11月25日深夜兩點半，李榮召集全體守靈衛士把中山先生遺體從楠木大棺中取出，用藥棉裹好，然后移入美式小棺中，放置于山洞里隱藏起來。直到1928年南京國民政府發動二次北伐占領北京后，守靈衛士才于6月7日夜間，把中山先生遺體從山洞取回，重新換入大棺，放回碧云寺靈堂中。但另有說法認為，“移靈”一說也許是守靈衛士無奈之中想出的計策：故意散布傳言，讓人以為孫中山先生的遺體已經不在碧云寺了，以此轉移圖謀不軌者的視線。

1928年7月6日，蔣介石和閻錫山、馮玉祥、李宗仁、白崇禧及吳稚暉等至北京西山碧云寺中山先生靈前舉行祭告典禮，以示北伐勝利。12月20日，南京國民政府特派林森、鄭洪年、吳鐵城赴北京，此前定制的美式銅棺也隨車運往北京。1929年1月，林森展開工作，派員訓練杠夫、拓寬大道。

1929年5月，南京中山陵竣工。5月22日至23日，碧云寺舉行隆重的遺體改殮儀式。5月25日晚，宋慶齡、孫科等親屬與林森、鄭洪年、吳鐵城及海陸空軍總司令行營主任何成浚，河北省主席、代理平津衛戍司令商震先后都抵達碧云寺。第二天移靈時，遺體從楠木棺內移至歐式銅棺中。移靈前政府要員孔祥熙登塔巡視，發現當年經孫中山扶植過的“九龍柏”青翠茂盛，興奮之余特撰寫“總理親手扶植塔頂側柏記”，以示紀念。

孫中山換下來的民國大禮服、大禮帽等衣冠，仍放在原來的楠木棺內封存在石塔中——花崗巖砌筑的墓墻上鑲嵌著漢白玉雕琢的墓碑，上面鐫刻著“孫中山先生衣冠冢”八個大字，作為孫中山靈樞暫厝碧云寺的紀念。

5月26日下午3時，中山先生靈柩途經長安門、中華門，出正陽門抵東車站，移靈專列離開火車站，開往南京中山陵。