不過，愛媛縣干部質疑學園方面的主張。在野黨也齊聲批評這是袒護安倍的牽強辯白，打算以查明真相離不開傳喚當事人加計到國會作證為由加強追究。在此之前，安倍已經在國會否認與加計會面，但沒有表明具體依據。

愛媛縣向國會提交的新文件顯示，安倍與加計在2015年2月25日進行了約15分鐘的會面。文件中寫道，加計介紹稱，力爭開展具有國際水平的獸醫學教育，安倍評論稱“這種新獸醫大學的想法很好”。該縣稱，于同年3月3日從學園相關人士處接到報告。

學園發表的評論解釋稱，就新文件內容向相關人士進行確認，結果得知“負責人將實際不存在的安倍總理與加計理事長的會面當作話題提出，向愛媛縣和今治市傳達了錯誤信息”。

關于傳達虛假會面信息的理由，據悉是因為當時新設獸醫系的計劃陷入停滯，認為“在探尋解決辦法的情況下，從‘結構改革特區’轉向‘國家戰略特區’的話，或許能找到出路”。學園相關人士解釋稱“干部并不知情”，表示今后將考慮對涉事職員予以處分。

愛媛縣新文件的記載還包括“學園理事長與總理見面后，接到秘書官要求提交材料的指示”、“總理與學園理事長日前聚餐”，但學園的評論并未提及這些記載。

加計學園通過傳真向媒體發送了1頁紙的評論，道歉稱“給相關人士添麻煩了”，但沒有召開記者會。愛媛縣干部認為存在抵賴的可能性，表示“將加緊收集信息”。

愛媛縣于21日向國會提交了新文件。安倍在22日的國會上強調“沒有在被指出的那天會面”、“沒有談論新設獸醫系”，稱獲悉計劃的時間為2017年1月20日。今治市市長菅良二25日表示：“記得接到報告稱理事長與首相會面了。”