《意見》就進一步加強食品藥品案件查辦工作提出十五條意見：充分認識加強案件查辦的重要意義；科學劃分案件查辦事權；重點查辦群眾高度關注的案件；嚴格案件查辦法定程序；統一案件調查取證標準；強化案件查辦協查聯動；嚴格執行“處罰到人”的規定；嚴格規范案件查辦行為；加強案件查辦審核指導；完善案件行刑銜接機制；強化涉案物品風險控制；強化案件查辦信息公開；加強案件查辦工作督辦；強化案件查辦考核評價；強化案件查辦保障。

《意見》提出，食品藥品監管部門重點查辦群眾高度關注的案件，包括：特殊食品、藥品、醫療器械、化妝品注冊申報數據、資料造假案件；使用非食品原料生產食品、添加危害人體健康物質的食品、用回收食品作為原料生產食品的案件；保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方乳粉食品等非法添加案件；生產經營病死、毒死或者死因不明的動物肉類及其制品案件；生產經營有毒有害或者不符合食品安全標準食品的案件；生產銷售假藥劣藥案件；生產經營無注冊證的醫療器械案件；非法組裝、翻新的醫療器械案件；化妝品非法添加激素和抗生素等禁用物質、擅自更改特殊用途化妝品產品配方、生產未經批準特殊用途化妝品的案件；虛假標注、虛假宣傳的案件；通過互聯網售假案件；未經許可生產經營食品、藥品、醫療器械、化妝品的案件等。

《意見》要求，嚴格執行案件查辦法定程序，統一案件調查取證標準。各級食品藥品監管部門要圍繞證據的真實性、合法性和關聯性，加強書證、物證、視聽資料、電子數據、證人證言、當事人陳述、鑒定意見、現場筆錄等各類案件證據的收集，確保證據充分。所有案件都要取證到人。強化案件查辦協查聯動。各級食品藥品監管部門要牢固樹立案件查辦全國“一盤棋”意識，加強跨區域案件的協查聯動。

《意見》明確，嚴格執行“處罰到人”的規定。在依法嚴懲單位違法行為的同時，要對單位法定代表人、直接負責的主管人員和其他直接責任人員進行處罰。要強化資格罰，法律法規規定禁止違法犯罪的自然人在一定期限內從事食品藥品生產經營活動，或者從事食品藥品安全管理工作的，行政處罰決定書中應當予以明確，并向社會公開，接受社會監督。

對一般違法行為在依法處理的同時可以通過約談或者發“警示信”的方式，對法定代表人和直接負責的主管人員進行警示提醒并指導整改。對有嚴重違法行為的自然人依法納入“黑名單”，實施聯合懲戒。