據安徽省衛生計生委提供的信息，截至目前，該省108個縣（市、區）的基層醫療衛生機構都不再實行收支兩條線管理，基層醫療衛生機構的收入不再上繳縣級財政，而實行“自己錢自己管”，管理效率明顯提升。

2009年，安徽省在全國率先開展基層醫改時，對基層醫療衛生機構實行了收支兩條線管理，這一措施明確對基層醫療衛生機構由財政經費兜底保障，大大提升了基層醫療衛生機構的公益性。但在一些地方，也出現了重吃“大鍋飯”，工作人員積極性下降等問題。面對這些問題，2015年2月，該省召開的城市醫改啟動會議宣布取消基層醫療衛生機構收支兩條線管理，實行定額補助。

據介紹，安徽省對政府舉辦的基層醫療衛生機構不再實行收支兩條線管理后，全面推行了財政經費定項補助。縣（市、區）財政部門按編制數全額核撥人員經費，包括基本工資、績效工資、離退休人員經費、社會保障經費、住房公積金；醫療服務收入扣除成本并按規定提取各項基金后主要用于人員的獎勵；政府購買服務的基本公共衛生專項經費實行項目管理，經考核后撥付，杜絕將公共衛生服務經費沖抵人員工資的現象。