其實不光打哈欠會傳染是個謎，就連打哈欠的原因，科學家也莫衷一是、眾說紛紜。

進化說

蜷伏在草叢里一動不動的蛇，常常打完哈欠再行動；河馬會先打個哈欠，之后再從水里走出來......進化理論認為，人打哈欠是我們的原始祖先傳下來的，而露出牙齒是為了向別人發出警告。然而，有專家認為，人類的發展已經進入文明社會，用打哈欠的方式向別人發出警告已經過時了。如果是這樣的話，那么人類打哈欠的行為，最有可能是一種已經喪失存在意義的演化遺跡了。但是我們發現打哈欠的時候通常是人感覺疲憊的時候，這種理論顯然缺乏進一步的證據支持。

大腦缺氧說

關于人為什么打哈欠最常見的解釋是，打哈欠能緩解大腦缺氧。這種解釋認為，當人疲勞、睡眠不足時大腦會缺血缺氧，這時候打哈欠能使肺部擴張，增加心臟交換血液，以及血液中的含氧量，緩解缺氧現象。

然而，隨著研究增多，原本科學家以為當肺臟周邊組織偵測到肺里的氧濃度變低時，人就會打哈欠以吸入更多的空氣。但現在他們發現，肺臟不一定會偵測到氧氣的不足。而且，子宮內胎兒的肺臟雖還不能換氣，但胎兒已經會打哈欠了。

大腦降溫說

美國科學家研究認為，打哈欠是為了給大腦降溫，進而保持大腦的健康和清醒。該理論由普林斯頓大學教授安德魯·蓋洛普提出，陳巍說，這種解釋使得導致打哈欠的很多看似矛盾的事件變得合理。

安德魯在研究中邀請了兩組人觀看打哈欠的錄像，一組人的前額放冰袋，另一組人的前額放熱敷袋，結果發現兩組人打哈欠的頻率明顯不同，頭頂熱敷袋的人一段時間內平均每人打了41個哈欠，而頭頂冰袋的人同樣時間內平均每人只打了9個哈欠。他指出，在打哈欠的時候，大量空氣通過上腭和鼻腔，這里的黏膜有數不清的、極為密集的血管，直接與大腦前庭連接。下頜做極限拉伸的時候，進入大腦的血液量增加，伴隨著吸入大量空氣，此時上頜竇擴張和收縮，其作用就好像風箱一樣，不斷將空氣輸送到腦部血管，從而降低血液的溫度。下頜運動時，鼻竇壁也會隨之伸縮，令鼻竇中空氣流通。整個過程為流進大腦中的血液降溫。

對小鼠的實驗也印證了這一說法，安德魯等人發現，小鼠馬上要打哈欠的那一刻，腦部溫度達到峰值，打完哈欠以后腦部溫度就開始下降，最后快速降到打哈欠之前一段時間的溫度。這種說法也能解釋為什么在臨睡前或者剛剛晨起的時候，人們最容易打哈欠，因為人們的體溫在睡前和剛剛醒來時會自然地上升。