《方案》要求，各地對申報醫療機構從臨床診療、科研水平、人才梯隊等方面，按照50%、30%和20%的權重進行綜合評價，不與醫療機構床位數、門急診人次、經濟收入簡單掛鉤，不與國家醫學中心或區域醫療中心評選掛鉤，不授牌。項目單位在重點支持建設領域應有國家臨床重點專科，相應專科床位數應不少于80張；中高級職稱衛生專業技術人員比例不低于30%，醫師研究生學歷比例不低于50%；綜合醫院應為省域內住院醫師培訓基地，有能力每年開展100人規模的新技術培訓，相應科室應能開展國際學術交流，在省域內有技術協作網絡，近3年主辦過全國或區域性學術會議。對于西藏、青海、新疆等邊遠地區可適當放寬條件。

國家將對每省份至少安排1個項目，除北京外每省份項目最多不超過6個。國家發改委和國家衛生計生委要求各地抓緊做好項目的遴選、公示和申報工作，并于10月31日前將結果報送兩部委。