據報道，日本文科相松野博一15日下午召開記者會公布結果，致歉稱“深感抱歉，將嚴肅對待該結果”。有鑒于此，日本地方創生擔當相山本幸三向媒體表示，負責特區事務的內閣府也在考慮重新實施調查。

日媒指出，根據存在疏漏的最初調查而堅稱未能確認文件存在的日本文科省的態度或再次受到質疑。另一方面，預計文科省將堅持計劃程序本身沒有問題的姿態。

對此，日本首相安倍晉三在官邸會晤松野，下達指示稱“要認真說明，讓國民充分理解”。

據悉，在重新調查中，共有26名職員接受了詢問，個人筆記也是調查對象。民進黨等出示的19份文件中，內容相同的確認了14份。調查證實存在寫有“是(首相)官邸最高層說的”的文件。

此外，也有內容與“首相的意向”酷似的文件。據悉，認為是分別制作了上述文件的職員回答稱“覺得有過該主旨的發言，但不清楚真實意圖”。

文件被認為是對日本文科省與負責特區事務的內閣府之間溝通往來的記錄。文科省5月19日在對高等教育局局長等的詢問后，公布結果稱“未能確認文件的存在”，但文科省前事務次官前川喜平及多名在職職員接受采訪時表示“文件曾存在”。松野本月9日宣布將重新調查。

除上次調查過的7名職員外，重新調查還對疑似共享了文件的郵件中出現名字的職員進行了詢問。除負責的專門教育課外，對與批準設置、特區窗口等相關的大學設置室、私學行政課、行政改革推進室的部門共享文件夾也實施了調查。