據臺灣《聯合晚報》5日報道，“立法院”預算中心2017年度海基會預算評估報告稱，海基會人事費編列近1.4億元，平均每名員工年人事費達120.6萬元，部分單位主管待遇高于部會的“政務次長”。報告說，海基會員工有114人，他們無需通過考試進入，不受公務體系相關限制，應考慮檢討薪資基準的合理性。

對此，親民黨“立委”陳怡潔稱，海基會薪水過高問題一直為人詬病，過去它在兩岸關系上有重要功能，現在幾近停擺，董事長田弘茂自己都說“兩岸關系要死不活”。民進黨“立委”莊瑞雄則稱，陸委會和海基會性質特殊，在大陸“干擾”下業務僵住了，不能說是海基會的問題，不好從薪水上苛責。《聯合晚報》稱，海基會為臺灣當局捐助成立的財團法人，當局補助款占其年度總收入約七成。

海基會長期被認為是島內“肥貓機關”。2014年，海基會人均月薪11.35萬元，時任董事長林中森月薪24萬多元，而他的長官、時任陸委會主委王郁琦只有19萬元。林中森當時回應稱，其他官員有信義官邸，而他沒有宿舍，需要租房子。