在逐項報告了中央決算草案和預算執行審計情況、地方政府債務等重點專項審計情況、政策措施落實跟蹤審計情況、金融機構審計情況、中央企業審計情況及審計移送的重大違紀違法問題線索情況之后，審計工作報告提出四點建議：強化問責和公開，健全審計查出問題整改長效機制；加快推進改革，保障重大政策措施落地落實；進一步優化財政資源配置，切實盤活存量、用好增量；積極采取措施緩解收支矛盾，防范和化解各種風險隱患。

此外，這幾年中央多次提出要推動轉移支付制度改革，今年的審計工作報告多次反映了這方面的問題。南京審計大學副校長裴育在接受央廣記者采訪時指出，目前轉移支付制度改革有所改觀，但指定用途的一般性轉移支付仍然存在，這就不利于地方的發展。

裴育指出，從審計報告來看，從分稅制改革之后，為了彌補地方財力補助，就建立了轉移支付制度。轉移支付分為兩塊，一塊是一般性轉移，一塊是專項轉移。目前，專項轉移支付比重相對偏大，這是審計一直在關注的問題，也提出了一些審計建議。財政部門也在改，也在變。一般性轉移支付比重在提高。但一般性轉移支付里，制定專門用途的項目仍然存在。實際上，專項轉移支付占比仍偏大，這樣不利于地方發展。最近幾年，審計報告都在關注這個事情，不僅關注中央部門預算資金，同時對地方預算資金也在關注。從國家審計角度來看，有所改觀，但問題仍然存在。

同時，社會高度關注國有企業運行和改革情況，在這方面，審計工作發揮了怎樣的作用？對此，斐育指出，今年我們尤其關注三去一降一補，就是去產能、去庫存、去杠桿、降成本、補短板，目的是為了促進經濟轉型和創新驅動。從供給側結構改革來看，我們做一些實實在在的工作，也將通過各類專項資金審計和政策跟蹤審計來幫助國有企業去產能、去庫存、去杠桿。作用是很明顯的。對于審計中發現的問題，凡是嚴重損害國家和人民利益的，凡是重大違紀違法的，對一些不作為、亂作為，或者假作為的一些履職不到位的，造成重大損失浪費的，包括環境污染方面的，通過結構查處，推動有關部門和地方政府整改和問責。