從藏經洞中出土的文獻約在五萬件以上，其中百分之九十左右是佛教典籍，還有道教、摩尼教、景教等其它宗教的典籍，以及官府文書、四部書、社會經濟文書、文學作品等大量世俗文書。文獻中除大量漢文寫本經卷外，也有藏文、西夏文、于闐文、梵文、回鶻文、粟特文、突厥文、龜茲文、婆羅謎文、希伯來文等多種古文字寫本。除了文獻之外，還有若干銅佛、法器、幡、幢、絹紙畫、壁畫粉本等物。

藏經洞文物的發現意義重大，與殷墟甲骨、明清內閣檔案大庫、居延漢簡一起被稱為20世紀中國古文獻的四大發現。藏經洞文獻連同敦煌石窟藝術的實物遺存，為我國和絲綢之路沿線的中古史研究提供了不可多得的一手資料，為學者們提供了全新的視角，被稱為打開世界中世紀歷史的鑰匙。

敦煌藏經洞于宋、西夏之際（公元十一世紀初）被妥善地封閉掩藏起來，隨后沉寂了近千年之久才重現于世。由于缺乏明確的記載，我們還無法確知藏經洞封閉的原因。有學者提出了僧團為躲避戰爭侵擾而封存法物的“避難說”；也有學者提出了“廢棄說”，認為藏經洞文獻是敦煌寺院歷代保存的陳舊法物，由于佛教對“法寶”尊崇備至，其封閉保藏是基于佛教傳統的處理方式，不具特殊歷史意義；還有學者指出，宋代前后，隨著佛經樣式的演進，折葉式的刊本經卷逐步替代了古老的卷軸式經卷，因此就把以前使用起來不方便的卷軸經典等進行集中處理，予以封存。敦煌藏經洞為我們留下了豐碩的歷史寶藏，也留下了眾多難解的謎題。

藏經洞發現后，消息不脛而走。王道士先后取部分寫本、佛畫等分贈給敦煌縣令汪宗翰、肅州兵備道官員廷棟，當時的甘肅學政高級官員葉昌熾很快也得到了下級進貢的經卷。藏經洞文書開始了最初在國內流散的過程。然而，此時的清王朝已處于日薄西山、頹勢難挽的末期，光緒三十年（1904）三月竟以運費無從籌措之由，未能將藏經洞文獻及時歸檔保存，只是草率的任由王道士原地保管，不再過問。

1900年，正是中國近代史上最黑暗的時期，清廷腐敗、國家無度。六月，美、英、法、德、俄、奧、意、日八國聯軍攻占大沽炮臺，八月攻入北京，火燒圓明園。京城陷落，皇室出逃，大批國寶、文物被肆意破壞、掠奪。敦煌藏經洞發現的時間幾乎與此相同，敦煌遺書連同中國大地的眾多珍寶，正是在這混亂時期頻繁遭到列強探險家的巧取和掠奪。

1905年10月，俄人奧勃魯切夫從內蒙古黑城遺址挖掘之后，趕至莫高窟，以五十根硬脂蠟燭為誘餌，換得藏經洞寫本兩大捆。其中既有幾個朝代的中文手稿，也有蒙文、藏文、梵文、突厥文、回鶻文、婆羅謎文手稿。這是藏經洞文書流失于外國人的開始。

1907年，英國人斯坦因巧名布施，以白銀一百八十兩哄騙王圓箓，獲取經卷、印本、古籍二十四箱，佛畫、織繡品等五箱。斯坦因劫掠的大量敦煌文物曾暫存在安西縣政府達數月之久，竟無人過問。

1908年，法國人伯希和以白銀五百兩，獲取寫本、印本、文書、絹畫等六千卷，并首次系統拍攝莫高窟照片數百張。由于伯希和通曉漢文，他獲取了藏經洞中學術價值最高的經卷寫本和絹本、紙本繪畫，目前保存在法國國家圖書館和吉美博物館。

1914年，斯坦因第二次來到莫高窟，用銀五百兩，再次從王圓箓手中獲取經卷約六百件。斯坦因兩次獲取藏經洞文物共計萬余件。

1912年，日本大谷探險隊吉川小一郎用白銀三百五十兩，獲取寫經四百余卷，帶走莫高窟塑像兩尊。

1914年，俄國奧登堡考察團在莫高窟停駐五個多月，測繪大部分洞窟的平剖面圖，臨摹繪畫數百張，拍攝照片約三千張，還剝走了一些壁畫，拿走多身彩塑，帶走莫高窟南北區清理發掘出的各類文物一萬余件，加上在敦煌當地收購大批文物和各類繪畫、經卷文書二百余件，裝滿了幾大車。

1924年，美國人華爾納至莫高窟，在藏經洞文書已被瓜分殆盡的情況下，用化學膠水剝取壁畫二十余幅，以白銀七十兩，獲取盛唐彩塑一尊。1925年，華爾納又一次組織考察隊至敦煌，因敦煌民眾的反對和官方阻止，大規模盜剝壁畫的陰謀才告破滅。

需要注意的是，1910年，當中國學者通過法國人伯希和得知了藏經洞流失的情況后，在羅振玉等人的奔走呼吁下，清政府派專員回收剩余的敦煌文書回京。然而，又因為押運官員的貪欲和疏忽，大量經卷又在運送途中散失、破壞。

藏經洞的文物，絕大部分經由道士王圓箓之手流失而出。當時，王圓箓的注意力正放在募化善款、營修廟宇上，希望借助發現藏經洞得來的聲望，建功立業、光耀門庭。在他眼中，這些佛教洞窟中的文書經卷或許只是必要時可以私下作為“法物流通”，與“布施者”交換得利的稀罕物。由于他不能確切知曉這些陳舊的經卷究竟蘊含多少文化價值和精神能量，也就直接導致了難以彌補的文化損失。

藏經洞文物的流失，可以歸咎于王圓箓的無知和私欲，卻也必須考慮到特定時代國家文化衰微的復雜情況，以及每一個當事人的精神麻木和責任缺失。

目前，敦煌藏經洞文物分散保存于世界十多個國家的數十家博物館中。在數字化時代，借助高清照相技術和互聯網的便利，尤其是在“國際敦煌項目”（IDP）的推動下，敦煌藏經洞文物的信息資源已經部分實現了全世界的共享和互通。2015年4月，法國國家圖書館向敦煌研究院贈送該館所藏的敦煌寫卷的數字化副本，具有重要的里程碑意義。藏經洞文物在何種情況下，珍藏在其他國家的敦煌藏經洞文物以何種方式回歸故土，實現文物本體與發現原境的統一性，大家翹首以盼。

從歷史的觀點看，藏經洞文物的流失，是我國近現代史中令人痛心的一頁。各國探險者和盜寶者掠奪文物的行為毫無正義性可言，是一種地地道道的文化劫掠。敦煌莫高窟文物流失的二十世紀初年，正是現代世界格局在慘烈的世界大戰中逐漸形成的混亂時代。帝國列強的學者們，像他們的軍隊急切開辟殖民地一樣，也在文化上占據世界文明史的闡釋權。宏觀看來，敦煌文物只是被劫掠的眾多世界文明寶藏之一。

然而，如從另一種視角來看，敦煌藏經洞文物在世界的流散，亦可認為是在復雜的歷史現象中，一種被動的文明傳播和交流過程。一百多年來，這些流散于世界各地的珍貴文物，已經在相當大的程度上推動和促進著知識的研討傳播、文化藝術的溝通發展，以及世界各種文明智慧的交流和提升。

現在，敦煌莫高窟正作為世界遺產地向全世界的游客和學者開放。藏經洞在歷經磨難之后，又重新回到唐代的原貌。據考證，這個小洞窟最初是為紀念唐代沙州（敦煌）佛教高僧洪辯法師而開鑿的影窟，其后在宋代被充當為莫高窟寺院的“法物收集處”。

保留在洞窟中的這尊洪辯法師塑像是一尊藝術水準高超、富有寫實意味的真容像。洪辯和尚端身正坐、巍然不動，仿佛正從一次甚深禪定中返回。他平和、堅毅、自信的眼神恰與這一批又一批中外游客的好奇目光相遇、對照。

一個小小的洞窟，在封閉和開啟、充盈和空虛之間，傳承了千年時光中多民族、多地區精神求索和變遷的史料證據，濃縮了中華民族輝煌、屈辱和復興的歷史。圍繞敦煌藏經洞建造、封閉、發現、流失的每一個環節都充滿了難解的歷史謎題。在這里我們似乎格外能夠體會到歷史中復雜而深奧的緣起、際會和無常之余蘊。