甲午戰爭后，經元善也考慮創辦中國人自己的第一所女校。

　　然而，經元善要辦女校的消息一傳開，社會各界議論紛紛，褒貶不一。于是，他覺得先須輿論開道，并商請鄭觀應、梁啟超分別在《盛世危言》、《事務報》上呼吁倡導女學，又邀鄭觀應、梁啟超、嚴信厚等聯名稟呈清北洋、南洋大臣要求準予創辦女學。

　　接下來，他先稟請南北洋大臣和盛宣懷，從電報局義賑基金中撥款資助，卻遭到拒絕。為此，他決定發動向婦女界募捐，并動員夫人魏英帶頭認捐開辦費400元、常年費60元。在經元善夫人的垂范下，半年內，認捐的婦女就多達102位，共籌得開辦費6130元。

　　辦學經費一經解決，經元善隨即擇地上海南市高昌鄉桂墅里，并抓緊動工。經過半年多時間緊張而有序的施工，新校舍終于在1898年3月落成。5月的一天，我國近代第一所女校———“中國女學堂”正式掛牌開學了。為了加強對學堂的管理，學堂內設“內董（事）”12人，禮聘捐款較多的婦女擔任，經元善、梁啟超的夫人和康有為的長女等均為內董，但不領薪水。堂中又設“外董（事）”12人，均為捐款人的兒子、丈夫和兄弟，由他們負責在外籌集資金、延聘教習和提調等。

　　《中國女學堂章程》中除規定學生先識字，次文法，次讀史志、藝術、治法、性理之書外，還規定專門之學，如算術、醫學、法學等三科，并別設師范科，講求教育童蒙之法。至年終，學生已增至40余人。此外，當年9月中旬，又在上海城內淘沙場增設分校，年終學生也逾20余人。

　　中國女學堂創立后，響應者極多，如蘇州、松江、廣東及南洋、新加坡等處，皆陸續設立女學堂。令人扼腕的是，女學堂開設不到兩年，1900年1月，慈禧太后為徹底清除維新派勢力，逼使光緒皇帝讓位，并改元“保慶”，經元善聞之，隨即發動旅滬維新派人士和上海紳商各界1231人，由他領銜通電反對“立儲”（史稱“己亥立儲”）。后為躲避清廷對他的通緝，他率侄子經亨頤遠走澳門。由于經費無著，女子學堂也難逃停辦的厄運。